고유목적사업준비금 손금산입 적용 가능 여부

동일사업연도에 고유목적사업준비금을 설정하는 경우 조특법 상 비과세 규정을 적용할 수 없는 것임

[회신] 비영리내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제13조 제1항에 따라 벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 규정을 적용하는 경우에는 동일 사업연도에 ｢법인세법｣ 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금 손금산입 규정을 적용할 수 없는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인 은 학생들의 창업지원을 목적으로 설립된 비영리법인임 ○ 질의법인은 매년 고유목적사업준비금을 손금산입해 왔으며, ｢조세특례제한법｣ 제13조 에 따라 주식 양도차익에 대하여 비과세 특례를 적용하고자 함 2. 질의내용 ○ ｢조세특례제한법｣ 상 비과세 특례를 적용하는 경우 특례를 적용 하지 않는 수익사업 소득에 대하여 고유목적사업준비금을 손금 산입할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발 생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 1. 다음 각 목의 금액 가. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나. ｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세 가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다. 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지 사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립ㆍ 운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다. ④ (생략) ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. ⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다. ⑦ 제5항제4호ㆍ제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다. ⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다. ⑨∼⑩ (생략) ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ①∼② (생략) ③ 법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득 금액에서 법 제66조제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 80을 이월결손금 공제한도로 적용받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 뺀 금액으로 한다. ④ <삭제> ⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리 내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업 으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다. ⑥∼⑦ (생략) ⑧ 법 제29조제8항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다. ⑨∼⑭ (생략) ○ 조세특례제한법 제13조 【벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다. 1. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 벤처투자회사(이하 "벤처투자회사"라 한다) 및 창업기획자(이하 "창업기획자"라 한다)가 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업기업(이하 "창업기업"이라 한다), 벤처기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따른 신기술창업전문회사(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 "신기술창업전문회사"라 한다)에 2025년 12월 31일 까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술 사업금융업자"라 한다)가 「기술보증기금법」에 따른 신기술사업자 (이하 "신기술사업자"라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 3. 벤처투자회사, 창업기획자, 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제50조 제1항제5호에 따른 「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업 출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "벤처투자조합등"이라 한다)을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 가.∼마. (생략) 4.∼7. (생략) ②∼⑤ (생략)